早期诊断菌群失调是正确有效治疗的前提。

菌群失调的诊断包括三部分：

①有无菌群失调。 ②菌群失调的程度。 ③菌群失调的诱因。

菌群失调患者常表现为严重腹泻或慢性腹泻，在应用抗生素治疗过程中，如突然发生腹泻，或原有腹泻加重，即有可能已发生了菌群失调。首都医科大学附属北京朝阳医院消化内科刘正新

菌群失调的程度可分为三度:

Ⅰ度(轻度)为可逆性轻度菌群失调，去除致病因素后即可恢复好转，症状消失，临床上多见于急性疾病引起的肠道功能紊乱;

Ⅱ度(中度)菌群失调较重，去除病因常不能恢复，多有慢性肠道症状;

Ⅲ度(重度)菌群失调，表现为菌群交替或二重感染。详细地了解粪便性状并结合实验室检查可以确定一些有特异性诱因的菌群失调，如志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌和轮状病毒感染等。