* 拮抗作用：正常菌群在生物体的特定部位生长后，对其他的菌群有生物拮抗的作用。产生这种生物屏障的往往是一些厌氧菌。正常菌群通过紧密与黏膜上皮细胞结出来占领位置，由于在这些部位数量很大，在营养竞争中处于优势，并通过自身代谢来改变环境的pH值或释放抗生素，来抑制外来菌的生长。

* 营养作用：正常菌群的存在影响着生物体的物质代谢与转化。如蛋白质、碳水化合物、脂肪及维生素的合成，胆汁的代谢、胆固醇的代谢及激素转化都有正常菌群的参与。

* 免疫作用：正常菌群的抗原刺激可以使宿主产生免疫，从而减少了本身的危害。已有实验表明，某些诱发的自身免疫过程具有抑癌作用。