肠道菌群与宿主的共生，以及对宿主的生长和发育等都具有重要作用。当缺乏肠道微生物时，哺乳动物微绒毛发育不良，结肠上皮细胞包含的细胞数明显减少，表明哺乳动物的肠道正常发育需要有肠道菌群的共生，肠道菌群参与了宿主的进化过程，促进了肠道上皮细胞的生成和发育。人体肠道菌群的定植种类对其健康发展具有至关重要的影响。

婴儿从母体中分娩出时就从母体获得一些菌钟，并且不同的生产方式如顺产和剖宫产婴儿肠道菌群存在显著差异，顺产的婴儿主要定植菌为以乳杆菌为主的乳酸菌和普氏菌。

一般情况下，随着年龄的增长，肠道优势菌群间的比例会改变。到了老年，人体内的双歧杆菌等有益菌的数量显著下降，而产生硫化氢等有害物质的小梭菌等有害菌增加，这些肠道微生态的变化有可能加速衰老的过程。因此，肠道菌群动态地参与了人的生长、发育和衰老的整个生命过程。