菌群失调是指由于某种原因(如滥用抗生素)，正常菌群中各种微生物的种类和数量可发生较大的变化。

菌群失调(dysbacteriosis)是指机体某部位正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化而超出正常范围的状态，由此产生的病症，称为菌群失调症或菌群交替症(microbial selection and substitution)。菌群失调时，多引起二重感染或重叠感染(superinfection)，即在原发感染的治疗中，发生了另一种新致病菌的感染。菌群失调的发生多见于使用抗生素和慢性消耗性疾病等。临床上长期大量应用广谱抗生素后，大多数敏感菌和正常菌群被抑制或杀灭，但耐药菌则获得生存优势而大量繁殖致病，如耐药金黄色葡萄球菌引起腹泻、败血症，对抗生素不敏感的白假丝酵母菌引起鹅口疮、阴道炎、肠道和肛门感染。

根据失调的程度分为三度：

(一)一度失调：只能从细菌定量检查上发现其变化，临床上无明显表现。在诱因停止后，不经治疗可自行恢复。

(二)二度失调：去除诱因后不可逆。在临床上表现为慢性肠炎、慢性肾盂肾炎、慢性口腔炎或咽峡炎等。

(三)三度失调：原来的正常菌群大部分被抑制，只有其中的少数菌种成为优势菌，出现急性临床表现，甚至病情凶险。如难辨梭状芽胞杆菌引起的抗菌药物相关性腹泻(抗菌药物相关性肠炎、伪膜性肠炎)以及真菌性肠炎等。又称菌群交替症或二重感染。

三度菌群失调如果是发生在住院期间，且与住院后使用抗菌药物有关，则属于院内感染;如果是病人在院外应用了大量抗菌药物，入院后出现了三度菌群失调，则不属于院内感染。