肠道紊乱作为靶向治疗

肠道菌群被定义为定居于肠道的细菌，病毒，寄生虫和真菌的全部种群， 成人肠道菌群由2000多种细菌组成，其中密度和多样性从胃到结肠逐渐增加。健康的肠道微生物群是一个具有多样化，稳定，抗性和有弹性的微生物生态系统。 生态失调是由环境和宿主相关因素驱动的菌群功能和组成紊乱所造成。菌群主要由环境因素形成， 拟杆菌和厚壁菌门是两个主要的门，共占微生物群的90%。 处于紊乱的肠道菌群越来越多地牵涉到许多疾病的发病和进展。 然而，生态失调是反映了疾病本身引起的变化，还是应该被认为是发病机制中的驱动步骤，并不总是被理解。生态失调导致一些代谢途径的紊乱，从而影响肠道内外的免疫和机械功能，并损害定植抗性，这些过程可能会被FMT还原，如图1所示。

注：示意图中展示了FMT的机制(通过FMT如何恢复正常微生物组成使其发挥作用)。直接途径与宿主无关，与FMT转移。宿主相关因素参与间接途径。观察到的FMT的临床效应与一种或多种途径的扰动有关，临床试验中列出的病症发现了FMT的影响。缩写：FMT，粪菌移植;IBD，炎症性肠病;IBS，肠易激综合征;MDRO，多药耐药菌;SCFA，短链脂肪酸。

定植抗性

定植抗性是健康微生物群对入侵细菌病原体和共生细菌过度生长提供的保护。虽这一过程我们知之甚少，但其似乎是通过直接(宿主无关)和间接(宿主相关)途径发生的。直接途径包括营养竞争，细菌素(通常由细菌产生的具有窄谱抗微生物特性的肽)的产生，噬菌体(能裂解细菌细胞的病毒)和VI型分泌系统的存在，间接途径包括由先天性免疫受体和短链脂肪酸(SCFA)代谢介导的上皮屏障维持，以及胆汁酸代谢，胆汁酸代谢可影响细菌的萌发、生长及孢子形成。

短链脂肪酸

SCFAs由肠道菌群通过发酵难消化的淀粉和复合糖所产生，肠道中最常见的SCFAs是丙酸盐，乙酸盐和丁酸盐。拟杆菌主要产生丙酸盐和乙酸盐，而厚壁菌主要产生丁酸盐，与SCFAs相关的免疫调节作用包括增强屏障功能和肠道上皮细胞的增殖，减少促炎性细胞因子的诱导以及刺激调节性T细胞的存在，这些细胞的增加可促进粘膜内稳态和防止结肠炎症。而短链脂肪酸可改善肠道上皮细胞和白细胞的炎症状态。FMT可能通过解决生态失调或直接转移SCFAs来影响SCFA代谢，这可能是观察到的FMT在代谢综合征、HE和IBD中的作用的基础。

胆汁酸代谢

95%的初级胆汁酸在回肠末端被重新吸收再用于肠肝循环，5%不能被肠肝循环重吸收的酸通过7α-脱羟基作用作为次级胆汁酸再进行相关循环。由某些细菌介导， 初级和次级胆汁酸在防止细菌过度生长，免疫调节和诱导肠道上皮完整性方面发挥着重要作用，缺乏G蛋白偶联胆汁酸受体-1的小鼠对结肠炎的易感性表现出增加效应，此外，胆汁酸通过抑制促炎细胞因子的产生来抑制人巨噬细胞的炎症反应，在CDI中，生态失调导致初级胆汁酸向次级胆汁酸的转化减少。 初级胆汁酸可能促进艰难梭菌的萌发， 而次级胆汁酸阻止其发芽， FMT可能通过纠正生态失调或直接转移原发性和继发性胆汁酸来恢复胆汁酸代谢。

粪菌移植的方案和标准化

迄今为止，FMT不是一种标准化的治疗方法，根据当地程序的不同，方案也有所不同，此外，有关FMT的立法也不统一，尽管FMT用于rCDI是许多国家公认的治疗方法。FMT的优选给药途径仍然是讨论的话题， FMT可通过上消化道途径，经十二指肠管或胶囊口服，或通过下消化道途径，经结肠镜检查或灌肠进行。尽管FMT通过灌肠需要反复尝试，但无论给药途径如何，FMT用于解决CDI的功效似乎都大致相同。最近的一项研究表明，口服胶囊化FMT治疗的患者治愈率高，这种方法可能会减少患者的不适，但是该方法需要吞服大量胶囊且这些胶囊不易获得。一般建议在上消化道, FMT之前用较少量的聚乙二醇溶液进行肠道灌洗，尽管它对观察到的疗效的贡献是有问题的，因为口服胶囊化的FMT在没有事先肠道灌洗的情况下似乎也是有效的。其他药物，包括质子泵抑制剂，也会影响微生物群，它们是否影响FMT结果目前尚不清楚。