在微生物侵入动物机体时，往往不是只有一种或两种微生物，而是许多种微生物同时入侵，哪几种微生物最终能定居到动物体的某个部位，则完全要看微生物能否适应动物体及该微生物在生存竞争中是否具有优势。因此，在入侵的微生物种群间也存在着激烈的生存斗争，我们现在用来治病的各种抗生素，其实就是微生物为了争取到更大的生存空间和得到更多食物来源而产生的抑制其他微生物生长的物质。

事实上，微生物间的相互关系是复杂的，它们既有生物拮抗的一面,也有相互共生的一面，当它们之间达到生态平衡后，正常的微生物群落也就建立起来了。