虽然人体肠道微生物的主要组成类群非常相似，但在不同个体间，不同微生物类群的相对含量和种类有很大差异。影响因素包括地域、年龄、生理状况、饮食习惯等因素。

在地域方面，一项对来自非洲、南美和美国的人群展开的研究表明来自不同地域的人们肠道菌群多样性有巨大差异。国内江南大学陈平老师等研究者都研究全国不同地域人群的肠道菌群，亦发现不同地域存在显著差异。

在年龄方面，婴幼儿的肠道微生物组成与成年人有很大不同。并且成年人随着年龄增长肠道菌群也会发生变化 ，比如老年人(65岁以上)肠道微生物中拟杆菌属所占比例比年轻人(28～46岁)高出16%，且梭菌属在两者之间也存在着丰度差异。

从生理状况角度，一项对孕妇肠道微生物组成的调查表明怀孕前3个月和后3个月的时间里，微生物组成发生了显著改变;而接受长期护理的患病老年人肠道微生物的菌群多样性也显著低于健康老人的菌群。

最需要重视的是，膳食因素也是改变肠道微生物的重要因素之一，更是最容易改变或控制的因素。不同人群由于饮食习惯的不同，摄入的膳食有很大不同，由此引起的肠道微生物组成、结构与功能也会存在较大差异。肠道中主要菌群与饮食中蛋白、脂肪和碳水等营养成分的占比有关，拟杆菌属在以蛋白质和脂肪为主要膳食成分的人群中占主导，而在以碳水化合物，膳食纤维类，植物性饮食为主要膳食成分的人群中，普氏菌属则占优势地位。此外，富含高饱和脂肪酸的膳食能影响肠道微生物组成，并增加亚硫酸盐还原菌及沃氏嗜胆菌的比例。目前利用饮食调控肠道菌群的研究越来越多，众多研究表明饮食可以快速并有效地实现菌群的调控。

当肠道菌群处于健康状态时，肠道内的有益菌数量是有害菌的数千倍，致病菌或者条件致病菌数量很少，有毒代谢物不足以对人体健康产生影响。但当菌群影响因素急剧变化，肠道内有益菌数量大量减少，有害菌数量迅速增长，肠道菌群平衡被打破，人体就会出现腹泻、便秘、消化不良等症状。