人体肠道菌群指的是人体肠道中的数量庞大的微生物，包括细菌、真菌、古细胞甚至一些病毒。人类从出生后的数小时内，肠道中就有微生物的定殖，他们在肠道栖息，成人肠道内的微生物种类超过1000种，数量高达10^14，干物质量达到1.2kg，基因数约人体基因的150倍，同时也帮助人体完成多种生理生化功能。

肠道微生物大致可以分为三大类：有益菌、有害菌和中性菌。

有益菌，也称为益生菌，主要是各种双歧杆菌、乳酸杆菌等，是人体健康不可缺少的要素，可以合成各种维生素，参与食物的消化，促进肠道蠕动，抑制致病菌群的生长，分解有害、有毒物质等。

有害菌，数量一旦失控大量生长，就会引起代谢紊乱，产生有害物质，影响消化免疫及内分泌系统的功能，引发多种疾病。

中性菌，如大肠杆菌、肠球菌等，正常情况下对健康有益，如果大量增殖，或从肠道转移，就可能导致身体不适及疾病的发生。

人体的健康与肠道内的益生菌群结构息息相关。在长期的进化过程中，通过个体的适应和自然选择，菌群中不同种类之间，菌群与宿主之间，菌群、宿主与环境之间，始终处于动态平衡状态中，形成一个互相依存，相互制约的系统，因此，在正常情况下，菌群结构相对稳定，对人体表现为不致病。

目前肠道菌群中最方便或者最无创获得的样品是粪便样品，所以目前的菌群研究中，肠道菌群多数情况下指的是粪便菌群。随时近年来基因测序技术的发展，我们可以对肠道菌的组成和功能进行更全面的理解。

2005年，Eckburg等研究发现，肠道微生物主要属于厚壁菌 门 、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门、梭杆菌门六大门，其中拟杆菌门和厚壁菌门为主要优势菌群。2010年，欧盟Meta HIT项目组发表了人体肠道微生物菌落的基因目录，共计330万个人体肠道元基因组的有效参考基因，约是人体基因组的150倍。从这一基因集中估计，人体肠道中至少存在着1000～1150种细菌，平均每个人体内约含有160种优势菌种。