肠道菌群失调的治疗需采取去除病因和给予微生态调节剂的综合措施。

具体要做到以下几个方面：

①寻找并去除诱因：对于特异性病原如志贺菌引起的慢性菌痢，真菌引起的肠炎、艰难梭状芽孢杆菌引起的假膜性肠炎等，需要选择敏感的抗生素进行治疗;如果有难以去除的诱因如器官移植后使用免疫抑制剂，肿瘤病人行放疗等，应加强扶正治疗首都医科大学附属北京朝阳医院消化内科刘正新

②抗生素使用的管理：因使用抗生素尤其是广谱抗生素导致的菌群失调，要在严密观察下停用广谱抗生素或改用窄谱的敏感抗生素。

③改善病人全身状况：全身情况的改善与肠道菌群的自身调整有着密切的关系，注意通过各种治疗改善病人的全身状况。

④调整饮食：饮食应注意吃些新鲜易消化的食物，一次进食量不宜过多，保证足够的维生素。对腐败性腹泻，可采用高碳水化合物和低蛋白饮食，对发酵性腹泻应采用高蛋白、低碳水化合物饮食。

⑤微生态调节剂的服用，使用微生态制剂的主要目的是提髙双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌的含量，恢复肠菌群的平衡。