正常菌群在人体某一特定部位黏附、定植和繁殖，形成一层“菌膜屏障”，是抵抗过路菌定植的重要防线，对机体免受外来病原菌的侵袭具有重要的作用。通过这种定植拮抗作用，抑制并排斥过路菌群的“入侵”，维护人体与微生物之间的内环境稳定。

另外，细菌还通过对营养物质的竞争来抑制有害菌在肠道内的繁殖。此外，肠道共生菌在肠道局部可以产生一些抑菌物质，如乳酸杆菌能产生乳酸、过氧化氢、细菌素等，抑制病原菌生长。

研究表明，乳酸杆菌通过分泌的乳酸来螯合金属离子等和改变革兰氏阳性菌细胞膜通透性来发挥作用，乳酸还能降低肠道pH值，抑制大肠杆菌及梭菌等生长。

例如，由于乳酸的积累，鼠李糖乳酸杆菌LGG对鼠伤寒沙门氏菌有很强的抗菌活性。 干酪乳杆菌等 产生的非解离乳酸能够有效地抑制大肠杆菌生长。

肠道菌群间接地对肠道机械屏障起到保护作用。

肠道黏膜上皮的完整性及正常的再生能力是机械屏障的结构基础。肠道菌群在肠道黏膜上皮的增殖和修复过程中起到了关键作用。

此外，肠道菌群与黏液层形成了互利共存的关系，黏液层为专性厌氧菌提供了良好的生态环境，可促进其生长，而益生菌可以促进肠道黏蛋白的分泌，并抑制大肠杆菌、产气荚膜梭菌等有害菌对黏液、上皮的黏附。