肠道菌群参与人体的重要代谢过程，为人类的某些代谢过程提供各种酶和生化代谢通路。

如肠道菌群可以把不溶性蛋白质转化为可溶性物质，将复杂的多糖转化为单糖供人体吸收，参与酪蛋白水解，氨基酸的脱羟基、脱氨基作用，参与胆汁和胆固醇代谢等。

肠道微生态不仅是药物的补充代谢通路，而且还能激活哺乳动物肝脏酶系统，因此肠道微生态的组成可显著影响动物和人类对外来化合物如药物的代谢过程，对个体化医疗有重要意义。