2012年11月1日，中国大陆、港、台、澳、加拿大、美国媒体报道，张发明是率先在中国开展现代标准化粪菌移植的医生。所谓标准化粪菌移植，是在实验室内借助现代仪器设备人性化地分离获得高度纯化的菌群，再经内镜或者引流管将量化的菌液输注到患者肠内。

依据文献报道，粪菌移植已经用于难辨梭状芽孢杆菌感染、炎症性肠病、顽固性便秘、代谢病、肠道免疫缺陷、肠道过敏等疾病。

2013年4月，美国Surawicz等将粪菌移植被首次写入临床指南，用于治疗复发性难辨梭状芽孢杆菌感染 [2] 。这种成分含混不清的“偏方”在西方国家有了正式的医学地位，是 FMT在其医学史上的标志性进步。

2013 年， Zhang 等报道 FMT 成功治疗严重克罗恩病合并肠内瘘感染，为 FMT 适应证扩大到腹腔感染性病变或脓肿提供了新依据，这是第一例用标准化粪菌移植(经中消化道)成功治疗严重克罗恩病合并肠内瘘感染，随访1年内维持缓解 [3] 。

2015 年，Cui 等 报道FMT 直接或者联合激素治疗脱离激素依赖型状态，提出 FMT 升阶治疗策略 (step-up FMT strategy)。2016 年，日本研究者报道 FMT 成功治疗高剂量激素依赖的溃疡性结肠炎案例;FMT 成功治疗急性移植物抗宿主反应的激素依赖和激素抵抗。这些研究，为传统概念中的免疫性疾病的治疗打开了新的视窗，其发挥作用的关键是依靠整体菌群 [1] 。

2015年，中华粪菌库(www.fmtbank.org)紧急救援计划作为非营利性公益计划 [4] ，由南京医科大学第二附属医院和第四军医大学联合发起，由国家消化系统疾病临床医学研究中心管理运行，救治对象为全国所有医院的难辨梭状芽孢杆菌感染、未明确病原体感染的伪膜性肠炎 [1] 。该紧急救援计划是面向全国所有医院的非营利性救援服务，治疗适应证清楚，不需要转诊，在启动救援治疗前，南京医科大学第二附属医院张发明团队的医生需要与病人的主诊医生沟通救治方案(包括时机、移植途径、治疗频次等 [4] )。

2017年，澳大利亚在《柳叶刀》杂志报道其开展随机对照研究，结果支持FMT有效治疗溃疡性结肠炎 [5] 。

2018年，欧洲一项研究在《新英格兰医学杂志》报道，将FMT作为难辨梭状芽孢杆菌感染初次感染的治疗方法，疗效优于抗生素 [6] 。

供体按照来源可分为异体和自体两类。异体来源是主流，异体来源供体的筛选方法是在纳入标准下使用严格的“排除法”，是用药史、病史、感染与常见病原体检验指标等进行筛查，排除可能影响肠道菌群的因素，从而获得最健康的供体。虽然菌群分析有利于评估菌群，但是，筛选最佳粪便供体，依靠检验、表型和其他因素共同决定，离不开整体思维，而单一的微生物组学分析尚不足以用来作为筛选依据。综合目前文献对 FMT 供体的要求，结合本中心的基础 并提出供体多维标准，包括年龄、生理、病理、心理、诚信、时间、环境、受者 8 方面，通过一系列表格式问卷和检验检查清单逐一筛查 [1] 。

FMT 的状态可分为发酵、新鲜和冻存 3 种形式。

粪菌给入途径分为上消化道、中消化道、下消化道 3 种途径。上消化道途径主要指口服粪菌胶囊;中消化道途径包括通过鼻肠管、胃镜钳道孔、经皮内镜胃造瘘空肠管;下消化道途径包括结肠镜、灌 肠、 结 肠 造 瘘 口、 以 及经 内 镜 肠 道 植 管 术(transendoscopic enteral tubing, TET)等。 TET 作为新的内镜技术，其保留肛内时间平均 12.4 天，患者满意度是 98.1%。医生应针对患者的不同情况和各种途径的特点选择其最合适的输入途径。 [1]

FMT 的安全性当成为临床决策的首要考虑因素。一直以来，报道的不良事件纷繁杂乱。其实，分析学术杂志和学术会议上口头报道的 FMT 不良事件，可以得出结论 ： FMT 发生并发症 ( 或不良事件 ) 主要与主观上认为 FMT 简单且客观上用简单方法 ( 泛指相关方法学 ) 开展 FMT 有关，最容易发生不良事件的受者是免疫状态差和肠道溃疡严重的患者。最严重的不良事件是麻醉状态下因为呕吐物误吸而死亡，国际上报道发生过 1 例。 [1]

FMT 必须遵循其伦理学原则。在中国，目前还存在一些医疗单位伦理否决的现象，这属伦理过度限制，生命优先的原则没有得到体现。然而，将 FMT 推向高度商业化方向，以及在公众媒体使用戏谑之词，是伦理过度放松。