从人和动植物的表皮到人和动物的内脏，也都生活着大量的微生物。如大肠杆菌在大肠中清理消化不完的食物残渣，把手放到显微镜下观察,一双普通的手，上竟有四万到四十万个细菌，即使是一双刚刚用清水洗过的手，上面也有近三百个细菌。幸好大多数微生物不是致病菌，否则后果将不堪设想。

当正常菌群与人体处于生态平衡时，菌群在它们寄居的人体部位获取营养进行生长繁殖，而宿主也能从这些寄生在他们身上的细菌中得到多种好处。一般来说，有以下几方面:

菌群的营养作用

正常菌群的营养来自宿主组织细胞的分泌液、脱落细胞以及某些腔道中的食物碎屑和残渣等。菌群的代谢产物除供给细菌自身利用外，一部分可以被宿主吸收利用。例如，过去外科医生不太重视肠道正常菌群中的大肠埃希氏菌能合成B族维生素和维生素K的功能，所以在肠道手术后为避免发生感染，常用抗生素作预防性治疗，结果手术后感染是防止了，病人却出现了厌食和贫血等维生素B和维生素K的缺乏症，因为大肠杆菌也被抗生素防术后感染的同时，必须补充足量的维生素B和维生素K。

菌群起到的免疫作用

在正常菌群的细胞中，有许多成分可以促进宿主免疫器官的发育成熟。有学者曾经做过实验，他们把刚孵化出来的小鸡分成两组，--组放在没有细菌的环境中生活，成为无菌鸡;另一组让它们正常生活，即带菌鸡。结果发现无菌鸡的小肠和回育部的淋巴结都要比普通带菌鸡少80%左右。如果将这些无菌鸡暴露在普通有菌的环境中饲养，使之建立正常菌群，则经2周后，它们免疫器官的发育和功能就可与普通鸡相近。此外，有些正常菌群的细胞组分与病原菌的相同，因此，它们能刺激宿主免疫系统产生像抗体一类的免疫物质,这些免疫物质也能对抗相应病原菌的侵袭。

抗衰老作用

现在一般认为，衰老是由于体内积累了过多的有毒化学物质----自由基。双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌等肠道正常菌群产生的超氧化物歧化酶，可以催化宿主体内自由基的歧化反应，消除自由基毒性，保护细胞免受活性氧的损伤，因此具有一定的抗衰老作用。

其他作用

肠道正常菌群有一定的抗肿瘤作用。其原因是这些正常菌群能产生多种酶，以降解肠道内致癌物，或可以将致癌物的物质转变成为无害物质。它们还可以激发人的免疫功能，调动处于待命状态的巨噬细胞等人体卫士围歼病原菌。